As dores abdominais e aumentam nos períodos de pré-menstruação, cólicas menstruais, que aumentam progressivamente, dores nas relações sexuais nas penetrações profundas, e a infertilidade. As dores estão relacionadas aos fatores irritativos e inflamatórios que com o decorrer da evolução da doença vão promovendo aderências dos órgãos internos, tais como, alças intestinais, tubas, ovários, podendo ocupar locais excepcionais com apêndice, fígado e porção superior do abdominal.

A infertilidade acontece pelas condições adversas que o óvulo encontra na pelve antes de ser captado pelas tubas, determinando assim incapacitação do óvulo e alterações bioquímicas e estruturais. Existe uma associação de 30 a 40% entre a endometriose e a infertilidade. Nas pacientes sintomáticas há referências 60-80% de cólicas menstruais que pioram com o evoluir do tempo (dismenorreia), dor nas relações sexuais quando há penetração profunda 25-40% dor pélvica (baixo ventre) 30-50% e infertilidade de 30-40%. Pode ocorrer em menor proporção sangramento pelas fezes perto de 1% dor urinária com sangue (hematúria) 1-2%.